O seu pendrive de uma hora para outra exibe arquivo e diretório como se fossem atalhos? Caso sim a causa provável é que foi atacado por um vírus, ele faz isso para ludibriar o usuário a clicar no link que supostamente apontaria para o arquivo ou diretório desejado, mas que na verdade estará executando o vírus, pois o mesmo aponta para o arquivo do vírus ao invés do arquivo original.
Para resolver o problema é necessário primeiramente passar um antivírus atualizado em seu pendrive, após isso deletar todos os supostos links.
Aí você se pergunta e meus arquivos e diretórios? O vírus os deixaram ocultos e para exibi-los novamente uma das formas é você abrir um prompt de comando, entrar na unidade e executar o utilitário attrib conforme segue.
c:\>attrib -r -a -s -h /s /d
Após isso todos os arquivos serão exibidos novamente.
Sugiro também excluir caso exista o arquivo autorun.inf, pois ele muitas vezes é atacado para que execute o vírus toda vez que o pendrive é conectado ao computador, claro que isso é perigoso se o Windows estiver configurado para realizar auto execução de qualquer unidade removível conectado ao micro, mas na dúvida é interessante excluir-lo e criar uma pasta com o nome autorun.inf, ajustando para que fique oculto, isso ajuda a evitar deleções acidentais da pasta, com isso dificultará a criação de arquivos autorun.inf com conteúdo malicioso, assim aumentará significativamente a segurança no uso do pendrive.
Sugiro também excluir caso exista o arquivo autorun.inf, pois ele muitas vezes é atacado para que execute o vírus toda vez que o pendrive é conectado ao computador, claro que isso é perigoso se o Windows estiver configurado para realizar auto execução de qualquer unidade removível conectado ao micro, mas na dúvida é interessante excluir-lo e criar uma pasta com o nome autorun.inf, ajustando para que fique oculto, isso ajuda a evitar deleções acidentais da pasta, com isso dificultará a criação de arquivos autorun.inf com conteúdo malicioso, assim aumentará significativamente a segurança no uso do pendrive.
Qualquer crítica, sugestão ou dúvida mande uma mensagem.
Atenciosamente,
Joaquim Ferraz